Ponza ha una superficie di 7,5 kmq ed è quasi completamente montuosa e raggiunge la massima altitudine con i 280 m del monte Guardia, posto all’estremità meridionale dell’isola.
Le sue spiagge sono frastagliate e per lo più rocciose, composte da caolino e tufi, a dimostrazione (insieme con i numerosi crateri vulcanici spenti ma tutt’oggi riconoscibili) dell’origine vulcanica dell’isola. La presenza di grotte sottomarine e di scogliere richiamano ogni anno migliaia di appassionati subacquei, oltre ovviamente a bagnanti, che prediligono la celebre spiaggia di Chiaia di Luna (a sud-ovest), circondata da un’alta scogliera a picco sul mare.
Famosi sono anche la Scogliera e i Faraglioni di Lucia Rosa, che prendono il nome dalla protagonista di una tragedia realmente accaduta nel XIX secolo. Lucia Rosa era una giovane donna di 19 anni, innamorata di un misero contadino e per questo non autorizzata al matrimonio dalla famiglia: la ragazza, in preda alla disperazione, si suicidò gettandosi dall’alta scogliera, che venne ribattezzata in suo nome dagli abitanti del posto. La forma dell’isola è stretta e allungata, e si estende dal Faraglione La Guardia a sud alla Punta dell’Incenso a nord-est, che dà sulla vicina Isola di Gavi; quest’ultima è separata da Ponza da un braccio di mare di appena 120 metri.
La vegetazione è tipicamente mediterranea, con prevalenza di agavi, fichi d’india e ginestre. Ogni anno, specialmente d’estate, giungono sull’isola migliaia di bagnanti e appassionati di immersioni subacquee. Anche per questo i centri abitati sono disseminati di stabilimenti balneari, hotel, ristoranti e locali notturni, oltre che di scuole subacquee.