Per grandezza è la terza delle isole dell’Arcipelago Toscano, è lunga circa 8 km ed ha una superficie di quasi 20 kmq.
Il suo antico nome Aegylon le fu dato dai Greci intorno al 1000 a.C. ed il suo significato di "posto di capre" appare tutt'oggi giustificato, infatti, sull'isola sono presenti i mufloni.
L’attuale nome di Capraia deriva invece dal latino Capraria (così la chiama infatti Plinio il Vecchio nella sua opera Naturalis Historia), originato a sua volta dal termine etrusco "capra", che voleva dire "roccia", questo evidenzia la sua origine vulcanica e il su essere aspra e rocciosa.
Dalle scorribande dei pirati musulmani che afflissero l’isola dall’800 fino alla metà del X secolo, deriva una leggenda alquanto singolare. Essa narra dei feroci Saraceni che sbarcarono nell’isola per nascondervi i tesori razziati nell’Arcipelago, molti di loro non tornarono a riprendere il bottino, e così una volta un detenuto, frugando fra le rocce, trovò delle monete d’oro.
Il territorio dell’isola è dominato da una rigogliosa vegetazione ed essa appartiene dal 1996 al Parco Nazionale dell’Arcipelago toscano.
Nel 1873 un terzo del territorio dell'Isola è stato ceduto, da parte del Comune di Livorno, al Ministero dell'interno che vi ha installato la Colonia Penale Agricola.
Nel 1986 la colonia penale è stata chiusa, e tuttora la parte settentrionale dell'isola non è completamente accessibile al pubblico. L'isola, essendo meta turistica estiva, è dotata di tutti i servizi essenziali: ufficio postale, panetteria, macelleria, alimentari, pescheria, bazar, ristoranti, pizzerie, bar, distributore di carburante per barche e auto, chiese.